消毒因子大多對人是有害的，因此，在進行消毒時工作人員一定要有自我保護的意識和采取自我保護的措施，以防止消毒事故的發生和因消毒操作方法不當可能對人體造成的傷害。
(1) 熱力滅菌：干熱滅菌時應防止燃燒；壓力蒸汽滅菌應防止發生爆炸事故及可能對操作人員造成的灼傷事故。
(2) 紫外線、微波消毒：應避免對人體的直接照射。
(3) 氣體化學消毒劑：應防止有毒有害消毒氣體的泄漏，經常檢測消毒環境中該類氣體的濃度，確保在國家規定的安全范圍之內；對環氧乙烷氣體消毒劑，還應嚴防發生燃燒和爆炸事故。
(4) 液體化學消毒劑：應防止過敏和可能對皮膚、黏膜的損傷。
(5) 處理銳利器械和用具應采取有效防護措施，以避免可能對人體的刺、割等傷害。
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